Всё чем я могу вам помочь - это вот:
http://joxi.ru/clEcVIwyTJA6AzPzpX8

Это горячие клавиши по умолчанию. 

Дмитрий, ошибки приведённые мною выше, они происходят из-за того, что приложение Joxi уже запущено, посмотрите процессы, которые запущены:
команда top в консоли, ну или через System Monitor.

Иконки запущенного приложения Joxi я так и не увидел в трее, но на работу это никак не сказалось, просто используйте Горячие клавиши. 

hotkey - c английского - горячая клавиша. Простым языком, это нажатие одновременно нескольких клавиш, например Alt + Tab - в операционных системах - это переключение между запущенными приложениями.

В данной программе используются след. хоткеи(сочетания клавиш) 

http://joxi.ru/oxccVP3JTJBBXZZF7wE


Их Можно настроить под себя(что я и сделал.)

 Такая же проблема. Программа не запускается.
void runJoxiType(int, char**, QtSingleApplication&) exist font false
void runJoxiType(int, char**, QtSingleApplication&) load font -1
void runJoxiType(int, char**, QtSingleApplication&) qrc:/qml/qml/Pages/MainToolPage.qml true

Linux laptop 3.13.0-24-generic #47-Ubuntu SMP Fri May 2 23:30:00 UTC 2014 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

Мята 17 корица 64bit