Быть может,нужны еще какие-нибудь данные?

Физически мониторы расположены так же, как и на скрине. Версия программы 3.0.9.64bit

Система:

$uname -a

$Linux Aleksey 3.19.0-32-generic #37~14.04.1-Ubuntu SMP Thu Oct 22 09:41:40 UTC 2015 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

У меня всегда затеняется только один,причем, поправлюсь, не основной, на основном ничего не происходит вообще, включая отсутсвие затемнения

Аналогичная проблема, в предыдущей версии, похоже, активный монитор вычислялся по нахождению мыши, сейчас же - только основной. Есть одно маленькое замечание- если сочетание клавиш выполнить дважды, то область второго монитора все же появится, но скрин там сделать нельзя, т.к. область за его пределами(на основном мониторе). Как-то так