Вообще проблема возникает из-за того, что в убунте на стандарнтые для джокси хоткеи уже забиты свои команды.

Решить проблему можно двумя способами:

1. Опробован, работает. С помощью клиента для sqlite открываете ~/.joxi/settings . В таблице settings меняете значения клавиш.

2. Не пробовал, но должно сработать. Этот способ можно и нужно использовать если вам принципиально чтобы джокси работала на стандартных хоткеях. Просто уберите использование этих комбинаций в убунте. Говорят это можно сделать с помощью http://help.ubuntu.ru/wiki/ccsm